La Fiscalía General de la República (FGR) mantiene bajo análisis las líneas de investigación correspondientes a la elección de 2021 en Sinaloa, ante presuntas irregularidades y la posible intervención de grupos delictivos. El proceso también se vincula con el seguimiento al homicidio del exrector Héctor Melesio Cuén Ojeda y las declaraciones vertidas por Ismael «El Mayo» Zambada sobre una supuesta reunión con actores políticos locales.
Sobre la validez del triunfo electoral de Rubén Rocha Moya, la presidenta Claudia Sheinbaum Pardo subrayó la autonomía de las instituciones electorales que ratificaron el resultado en su momento:
»Le corresponde al tribunal electoral dar la sentencia de una elección. El tribunal dictó que el ganador era Rubén Rocha y no hubo ninguna prueba que se presentara que evaluara el tribunal que garantizara que había habido algún problema o que sustentara que había habido algún problema».
Pese a los señalamientos, fuentes federales indican que el gobernador con licencia no ha sido llamado a declarar. La Presidenta aclaró que, aunque existe coordinación en el gabinete de seguridad, la FGR actúa de manera autónoma en la integración de sus carpetas, incluyendo la investigación sobre el traslado de Zambada a Estados Unidos y las posibles omisiones de la fiscalía estatal de Sinaloa en el caso Cuén.
Respecto a las opiniones vertidas por Rocha Moya durante su campaña sobre una posible gestión con grupos criminales para pacificar la región, Sheinbaum marcó distancia: «Es una opinión de él, yo no estoy de acuerdo. Pero de ahí a decir que eso significa que él tenía acuerdos, pues es muy distinto».
Finalmente, el Gobierno Federal confirmó que Rubén Rocha Moya cuenta con protección oficial tras haberla solicitado formalmente. La medida, según se explicó, responde a un análisis de riesgo estándar que se aplica a cualquier ciudadano o funcionario cuya integridad física pueda estar comprometida.